La formation s'effectue selon le modèle en deux cycles, avec des filières bachelor et master, conformément à la déclaration de Bologne. Contrairement aux hautes écoles universitaires, les hautes écoles spécialisées ne proposent pas de filières de doctorat.

Les filières bachelor
Les filières bachelor (180 ECTS) débouchent en général sur un diplôme qui confère une qualification professionnelle. Elles donnent directement accès à la pratique d'une profession. Les études durent trois ans à plein temps et quatre ans en emploi.

Les filières master
Les hautes écoles spécialisées proposent des filières master (90 à 120 crédits ECTS) qui font suite au cycle bachelor. Les filières master transmettent en outre des connaissances approfondies, spécialisées et basées sur la recherche et préparent les étudiantes et étudiants à un diplôme attestant leur qualification professionnelle supérieure. Les études durent un an à un an et demi. L'offre de filières master est limitée vu que, dans les hautes écoles spécialisées, le bachelor qualifiant pour une profession reste la règle.

Les filières bachelor et master se terminent par l'obtention d'un titre fédéral protégé: